בראש המרכז לבריאות הנפש בב"ש, מאז שנת 2021 עומד מנהל רפואי, דר' דורון תודר. 

דר' תודר הנו פסיכיאטר מומחה, ומרצה בכיר באוניברסיטת בן גוריון.  

בעבר דורון מילא שורה של תפקידים  בין היתר שימש כפסיכיאטר חטיבתי בחטיבת בתי החולים במשרד הבריאות סגן מנהל בית החולים - המרכז לבריאות הנפש ב"ש.

דר' דורון הנו חלוץ בטיפול בשיטת Neurofeedback , וגריה מוחית לא חודרנית בארץ.

המנהל האדמיניסטרטיבי של ביה"ח, הנו מר רונן בן אור.

מנהלת לשכת המנהל וסגנו, הינה הגב' אפרת מויאל.

הנהלת המרכז המורחבת כוללת בתוכה,  את מנהלי הסקטורים המקצועיים השונים: סיעוד, עבודה סוציאלית, פסיכולוגיה, הדרכה מקצועית, וכן מנהל משאבי אנוש, ומנהל מחלקת הכספים.

ההנהלה המורחבת מקיימת פגישות עבודה  ודיון קבועות. פורום זה דן בסוגיות ניהוליות ומקצועיות שוטפות, נקבעת מדיניות, נלקחות החלטות מקצועיות בתחומים השונים הנוגעים לעבודה המקצועית והניהולית של המרכז.
בבית החולים קיימות כעשר מחלקות ויחידות,  בראש כל מחלקה עומד רופא, שהנו מנהל המחלקה וכן אחות שהנה אחראית במחלקה.